Allestito nel convento di San Matteo in Soarta, un monastero di origini medievali restaurato, il Museo Nazionale di San Matteo raccoglie opere provenienti dai principali edifici ecclesiastici di Pisa e del suo territorio. Le sue collezioni lo qualificano come uno dei centri più importanti in Italia per lo studio dell'arte medievale e, in modo particolare, della scultura. Tutto inizia nel Settecento, quando si costituisce il primo nucleo di dipinti di “primitivi”, su iniziativa del canonico pisano Sebastiano Zucchetti. La raccolta si arricchirà poi con altre collezioni private, con gli espropri del periodo napoleonico e quelli seguiti all'Unità d'Italia. Le opere restano sotto la custodia dell'Accademia di Belle Arti di Pisa fino al 1893, quando viene aperto il Museo Civico nel convento di San Francesco. Risale invece al 1949 la fondazione del Museo Nazionale, allestito fin dal principio in San Matteo e arricchito da nuove e consistenti donazioni. La collezione di sculture spazia dall'inizio del Duecento al Cinquecento. Il primo esponente di spicco della scuola pisana è Nicola Pisano, la cui eredità è raccolta nel Trecento dal figlio Giovanni Pisano. Oltre a quest'ultimo e al senese Tino di Camaino, il museo vanta numerose opere del maggiore scultore italiano del secondo Trecento, Andrea Pisano, e del figlio Nino. Entrambi erano molto celebri, già al tempo, per le loro rappresentazioni di un tema sacro fra i più classici, la Madonna col Bambino, da inserire in contesti architettonici come le facciate delle chiese. Non è un caso, quindi, se uno dei pezzi più celebri e ammirati sia proprio la Madonna del Latte, cui lavorarono probabilmente padre e figlio. Molto ricca anche la raccolta di sculture del Quattrocento: i pezzi più pregiati sono il busto-reliquiario di San Rossore, opera di Donatello, le terracotte invetriate dei Della Robbia, le creazioni della bottega fiorentina di Michelozzo e del lucchese Matteo Civitali. Anche l'itinerario della pinacoteca si apre con il Duecento, rappresentato da un ricchissimo patrimonio di croci dipinte tra cui la celebre Croce di Fucecchio, firmata da Berlinghiero Berlinghieri, e alcune opere di Giunta Pisano. Un vero tesoro d'arte sacra è poi il polittico a sette scomparti dipinto nel 1320 da Simone Martini, che raffigura la Vergine col bambino e santi. Testimonianze della seconda metà del Trecento sono invece i dipinti del pisano Francesco Traini, di Bernardo Daddi e Spinello Aretino (attivi a Firenze), ma anche di Giovanni da Milano e Barnaba da Modena. L'inizio del dominio di Firenze (1406) vede l'intervento di molti artisti fiorentini in città. Fra questi Masaccio, del quale si custodisce un San Paolo (parte di un polittico smembrato), Beato Angelico, Neri di Bicci, Domenico Ghirlandaio e Benozzo Gozzoli, cui è dedicata un'intera sala. Fra le opere più note si segnala anche la Madonna dell'Umiltà di Gentile da Fabriano. Nel percorso museale, inoltre, è inclusa una notevole sezione di codici miniati (dal XII al XIV secolo) e una collezione eccezionale di ceramiche islamiche datate fra il X e il XIII secolo.